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许多污水中的有机污染物成分复杂，部分有机物质难以被微生物直接利用。添加合适的碳源能够优化污水中有机物的组成结构，使得污水更易于被微生物进行生物降解，即提高污水的可生化性。可生化性提高后，细菌、广东附近真菌等微生物更易将污水中的有机污染物代谢分解为无害或低害的物质，如简单的无机化合物和二氧化碳，从而降低污水中的化学需氧量（COD）、广东生化需氧量（BOD）等污染指标，更好地达到污水排放的标准要求。?在生物除磷工艺中，碳源也至关重要。在厌氧和好氧交替的环境下，聚磷菌在厌氧阶段释磷时需要利用碳源合成细胞内的储能物质；在好氧阶段，聚磷菌又利用储存的能量超量摄取磷。如果碳源不足，聚磷菌无法正常进行这样的代谢过程，会导致除磷效果大打折扣。而适当地添加碳源能够保障聚磷菌的正常代谢，从而增强生物除磷的效果。
碳源是微生物生长繁殖所必需的营养物质。微生物如同生物处理系统中的“工作者”，而碳源就像是它们的“食物”。在生物处理反应器中，微生物需要利用碳源来维持自身的生命活动，进行自我增殖。例如，在传统的污水处理工艺中，微生物通过摄取碳源中的碳元素构建细胞物质，进而繁殖出更多的微生物个体，形成活性污泥的一部分，帮助降解污水中的有害物质，提高系统处理污水的能力。污水中含有大量如脂肪、广东当地蛋白质、广东本地碳水化合物、广东同城有机酸等的有机污染物。碳源可促进微生物生长，而微生物通过其代谢作用将这些复杂性有机物逐步降解转化为二氧化碳和水等较为无害的物质，从而达到去除污水中有机物、广东当地净化污水的目的。与此同时，有机物质的降解会产生氢离子，如果pH值过低则对微生物生长和代谢产生不利作用，不过碳源在这一过程中可以起到一定的调节pH值的作用，避免该问题的恶化，保障微生物降解污染物的能力不被削弱。
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促进好氧生物处理,在好氧生物处理过程中，好氧微生物会氧化分解有机物，并且在这个过程中释放能量。碳源的投加能够满足好氧生物对碳和能量的需求，从而促使好氧微生物大量生长和繁殖。例如在活性污泥法处理污水的工艺中，适量增加碳源，可以提高好氧菌群对污水中有机物的分解速度。好氧微生物可以将污水中的有机物，如糖类、广东当地蛋白质和脂肪等分解为二氧化碳和水。举例来说，在城市污水处理厂中，通过向曝气池中投加合适的碳源，可以使活性污泥中的微生物更快地分解污水中的有机污染物，从而加快废水的处理速度，有效提高处理效率，使污水中的生化需氧量（BOD）等污染物指标迅速降低。